Prehistoria y edad antigua
Los arqueólogos que excavaron en el poblado de la Plaza de Armas de Puente de la Reina destacan que, aunque durante el proceso de excavación no se documentó una fase neolítica, esa etapa pudo ser el punto de partida de la historia del asentamiento. En todo caso la Plaza de Armas del Puente de la Reina caracteriza uno de los dos modelos de asentamiento que construyeron en la zona los primeros agricultores y que se desarrolló cronológicamente durante el III milenio antes de Cristo y los primeros siglos del II antes de Cristo. Era el poblado una meseta perfectamente recortada elevada sobre su entorno inmediato donde el rio Guadiana Menor desembocaba en el Guadalquivir. Seguramente contó con una fortificación exterior que le permitió tomar la forma amesetada y el interior se rellenó con sedimentos de las paredes caídas de tapial y adobe de las cabañas, debido a las continuas refacciones que provocaba este tipo de arquitectura de la tierra y a los replanteamientos urbanos que se produjeron a lo largo de tan amplio periodo de ocupación. Los arqueólogos que excavaron el sitio proponen la existencia de cuatro fases de ocupación durante el Cobre Pleno y Final y que su abandono coincidió con el inicio de la Edad de Bronce.
Este tipo de asentamientos de vega, que se vincula claramente con funciones agrícolas, se conoce no solamente en este punto, sino también en otros lugares próximos a las confluencias de ríos como en el río Cerezuelos en Santo Tomé, en el Puente del Obispo en Baeza con el poblado de Gil de Olid, en la desembocadura del río Torres sobre el Guadalquivir o en el Puente Mazuecos en la desembocadura del río Bedmar, justo en el límite de los términos de Úbeda y Baeza. Puede que también comenzase el poblamiento del mismo modo de Úbeda la Vieja, pues sería el único río que en su desembocadura no tuviera un asentamiento de este tipo, pero lo cierto es que hasta el momento no ha sido posible documentar este tipo de hipótesis.
El segundo tipo de asentamiento también de la misma época se localiza en la parte superior de La Loma. Se trata, al contrario que el anterior modelo, de un asentamiento encastillado de altura, situado en el Alcázar del casco antiguo de Úbeda. Los primeros trabajos se efectuaron en los años sesenta del pasado siglo, cuando excavó en los Nuevos Juzgados de Úbeda al realizarse la conversión de la Cárcel del Obispo. Después se realizaron unas catas bajo el suelo de la iglesia de Santa María en 1983, y por último se excavó en el tramo Saludeja-Redonda de Miradores de la muralla de Úbeda. Varios investigadores coinciden en afirmar que la ocupación del Alcázar debió hacerse durante la Edad del cobre antiguo y que perduró ininterrumpidamente hasta el Bronce Final ya en el primer milenio. Al contrario que los poblados de sitios de vega se hace notar en estos poblados de altura la importancia de las fases de Bronce Pleno, que en Úbeda llegan a mostrar hasta cuatro etapas con superposiciones de enterramientos realizados bajo las casas y los habituales recipientes de pasta negra bruñida con las formas de tulipa o copa argárica que pueden verse en el Museo Arqueológico de Úbeda.
El modelo de asentamientos del Álcazar de Úbeda se repite en otros puntos de La Loma como Iznatoraf, el Castillo de Sabiote, La Muela o Baeza, aunque en estos casos las fases conocidas son sólo las correspondientes a la Edad del Bronce. También en la vega el asentamiento de Úbeda la Vieja, que no ha permitido por el momento a los arqueólogos confirmar su ocupación durante la Edad del Cobre, sin embargo sí estaba ocupado durante la Edad del Bronce. Todo hace indicar que aunque pudieron existir poblados de la Edad del Cobre y de la Edad del Bronce en La Loma y en la Vega, en la primera dominó la fase del Bronce y en la segunda la del Cobre, existiendo por ello una tendencia a hacer que el poblamiento se encastillara al paso de los años del segundo milenio, porque realmente parte de los asentamientos de vega como muestra la Plaza de Armas del Puente de la Reina fueron abandonados.
Al finalizar la Edad del Bronce, ya en los albores del I milenio antes de Cristo, se produjo una caída importante de la población con la aparición de los núcleos como el Cerro de Cabezuelos, aguas arriba del río Jandulilla y próximo a Úbeda la Vieja. Excavado en 1976, se caracteriza por haber sido ocupado durante una sola fase, fechable entre el 900 y el 700 antes de Cristo. Mostró en los trabajos de excavación un urbanismo irregular de cabañas de forma oval y dimensiones variadas levantadas con caña y barro sobre zócalos de lajas de piedra hincadas. Las techumbres debieron ser cónicas y sostenidas por postes. Por último la meseta fue reforzada por una fortificación. En suma un modelo de urbanismo que contrastaba enormemente con los diseños urbanos de casas de planta rectilínea que dominaron durante la fase del Bronce Pleno en Úbeda la Vieja o en el Cerro del Alcázar. A los historiadores les resulta difícil explicar este periodo oscuro, porque muestra claros síntomas de recesión; por esa razón en algunos casos se ha hablado de oleadas de pastores que desde la Meseta llegaban al valle del Guadalquivir y en otros casos de crisis de los modelos sociales desarrollados durante el Bronce Pleno; no debe olvidarse que Cabezuelos nació cuando Úbeda la Vieja daba signos de abandono y que en el Alcázar hasta este momento hubo continuidad.
De todo este proceso se concluye que Úbeda la Vieja quedó como el núcleo principal de población, al menos a iniciarse el siglo V antes de Cristo, ya en pleno desarrollo de la cultura ibérica; pero puede que ello hubiera comenzado antes, ya durante la fase orientalizante, como ocurrió con Toya o con el Puente del Obispo. No se conoce sin embargo cuál fue el topónimo de ese lugar. Durante gran parte del siglo XIX y del XX se defendió que el lugar correspondía al oppidum de Baécula, nombre muy citado durante la Segunda Guerra Púnica y que fue escenario de una gran batalla entre Asdrúbal y Escipión; pero esta propuesta fue rota cuando algunos autores propusieron localizarla en Bailén por la posible relación con el topónimo de esta ciudad. Sin embargo hoy se conoce que bajo la ciudad de Bailén no existió población ibérica alguna.
Si es cierto que no está resuelto el problema del nombre ibérico de Úbeda la Vieja, sí se sabe que al comenzar el siglo IV antes de Cristo el príncipe de este oppidum forjó un territorio político sobre todo el Valle del Jandulilla. La historia fue así: A fines del siglo V comenzaron a llegar al Alto Guadalquivir de forma masiva productos exóticos, preferentemente de Atenas, portados por comerciantes atraídos por la riqueza existente en el Valle. Llegaban a través de los afluentes del Guadalquivir que venían desde la costa del sureste como el Guardiana Menor y el Jandulilla. Sucedió que igual que Toya tenía una posición privilegiada respecto al primer río, Úbeda la Vieja lo tuvo respecto al segundo. Seguramente por esta razón el príncipe del oppidum propició una estrategia para hacerse con el control del río que se había convertido en un eje económico fundamental.
Para ello instaló en el mismo nacimiento del río, donde hoy se ubica el cerro del Pajarillo, en el término de Huelma, un monumento a un héroe. En él, con esculturas dispuestas sobre una torre, se contaba el trabajo heroico de un personaje masculino que por salvar a un joven mató un gigantesco lobo. Contaba el héroe con la protección de dos leones y dos grifos, lo que le daba un rango superior a cualquier mortal. Se tratara de un antepasado del príncipe que Úbeda la Vieja o de él mismo, lo cierto es que el personaje recibió culto y el espacio se convirtió en un santuario.
En la propia Úbeda la Vieja se han encontrado también los restos de un monumento funerario. Con enrejados, contaba en la parte superior con una escultura de mujer y con un fragmento de una cabeza de león que posa su garra sobre cabeza humana. Según la hipótesis de reconstrucción el monumento tendría varios cuerpos coronados por edícula. El inferior pudo tener un ancho de más de tres metros y algo más de dos metros de altura. La parte inferior se decoraría con el enrejado, haciendo la valla baja, y la superior con guirnaldas, atravesadas ambas de arriba abajo por las pilastras. Se culminaría éste con un friso donde se asociarían las máscaras báquicas, las esvásticas y la epigrafía. Sobre este cuerpo se dispondría el piso superior, seguramente abierto, con las esculturas funerarias de los enterrados. Por último sobre la cubierta, de la que no hay datos, se defiende la posible existencia sobre la cubierta, de la que no hay datos, se defiende la posible existencia de una pirámide de lados rectos porque así se conoce en otros casos hispanorromanos. Por sus características arquitectónicas el monumento se fecha a mediados del siglo I antes de Cristo.
Durante el siglo III antes de Cristo toda la comarca se vio inmersa en el conflicto romano-cartaginés de la Segunda Guerra Púnica. La derrota cartaginesa a finales de siglo supuso la inclusión de territorio bajo el dominio de Roma y un cambio en la organización del control territorial, articulo ahora a partir de los intereses de los vencedores. Desde esta nueva organización, ciudades como Úbeda la VIeja - Salaria en las fuentes escritas - y la vecina Baeza, los principales centros económicos y administrativos de la zona, se vieron potenciadas económicamente al situarse dentro de la vía romana que unía Cástulo y Málaga, y que permitía la salida de la planta de las minas de Sierra Morena y la Depresión Linares-Bailén hacia Roma.
Hasta el siglo II después de Cristo Salaria, testimoniada como colonia romana desde la época de Augusto, vive una etapa de desarrollo y estabilidad como consecuencia de su plena integración y adaptación a las estructuras administrativas y económicas romanas. Pero desde mediados de este siglo, ya en la etapa bajo imperial, empezará a sufrir la crisis del sistema municipal romano que determinó la pérdida de importancia de las ciudades como centros económicos y administrativos. Esta decadencia dio lugar a una concentración de la propiedad en villae de mayor tamaño, con un modelo de explotación agrícola latifundista tendente a la autosuficiencia. La mayoría de estas villae bajoimperiales desaparecerán finalmente en los siglos IV y V, coincidiendo con la agudización de la crisis imperial
Por lo que respecta al poblamiento humano en una parte de lo que hoy es el casco histórico de la ciudad nos encontramos con una amplia laguna documental, pero parece que no se interrumpió durante las épocas ibérica y romana, como lo demuestran algunas piezas ibero-romanas halladas en el perímetro urbano y su entorno más próximo. Estos hallazgos, junto a algunas evidencias arqueológicas de época tardorromana y visigoda, hacen suponer la existencia durante todos estos siglos de un pequeño núcleo de población dependiente de la colonia Salaria.
